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谢鹏等：Akk菌调节短链脂肪酸，改善神经炎症，缓解小鼠抑郁Pharmacological Research——[10.5]
① 研究对象与设计：基于先前观察抑郁人群嗜黏蛋白阿克曼氏菌（Akk菌）丰度下降，采用慢性束缚应激（CRS）小鼠，口服Akk菌并设置FFAR2拮抗剂组，评估行为、肠道菌群、短链脂肪酸（SCFAs）与海马炎症。② 核心发现与通路：Akk菌显著改善抑郁样行为并抑制海马神经炎症，关键通路为SCFAs-游离脂肪酸受体2（FFAR2）-核因子κB（NF-κB）-NOD样受体蛋白3（NLRP3）-白细胞介素（IL）-6/IL-1β轴。③ 菌群与代谢重塑：干预纠正CRS导致的菌群紊乱，使阿克曼氏菌属占优，并升高粪便乙酸、丙酸等SCFAs及血清乙酸、丙酸水平，提示“肠-循环”代谢传递。④ 海马炎症缓解：干预下调海马NF-κB、NLRP3、IL-6、IL-1β并恢复FFAR2表达，而FFAR3未恢复，指向FFAR2主导的抗炎作用。⑤ 机制验证与关联：FFAR2拮抗剂GLPG0974削弱Akk菌的抗抑郁与抗炎效应；SCFAs（尤以乙酸、丙酸）与抑郁样行为和炎症指标呈负相关，支撑肠-脑轴介导的抗抑郁路径。
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Akkermansia muciniphila-derived SCFAs improve the depression-like behaviors of mice by inhibiting neuroinflammation
2025-08-29 , doi: 10.1016/j.phrs.2025.107938
Nature子刊：ATF6改变肠道脂质环境，为促癌菌群铺路Nature Metabolism——[20.8]
① 研究设计与方法：本研究通过激活转录因子6（ATF6，内质网未折叠蛋白反应的关键因子）转基因小鼠模型及多个人类结直肠癌（CRC）队列，结合转录组、代谢组与微生物组学分析，系统探究了ATF6在CRC发生中的作用机制。② 核心机制：慢性ATF6激活通过重塑肠道上皮细胞的脂质代谢，导致长链脂肪酸（LCFA）积累，继而选择性地“筛选”并扩增了能够适应这种环境的促癌微生物群落。③ ATF6高表达临床意义：在19-38%的晚发性和11%的早发性CRC患者中检测到ATF6高表达，且其与脂肪酸合酶（FASN）的基因共扩增与更差的无病生存率显著相关。④ 关键动物实验验证：ATF6转基因小鼠仅在有菌环境下才形成肿瘤，证明了微生物的必要性；而使用FASN抑制剂C75可完全阻断肿瘤形成，表明脂质代谢重编程为核心环节。⑤ 微生物因果作用确认：将经C75处理后的小鼠粪菌移植给无菌小鼠，可使其肿瘤发病率从73%大幅降至25%，直接证实了ATF6诱导的脂质环境所塑造的菌群具致癌作用。⑥ 关键菌株及其功能：ATF6介导的LCFA富集环境选择性地促进了Desulfovibrio fairfieldensis等特定菌的生长及其产硫化氢（H₂S）能力，构成了潜在的致病因素。
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ATF6 activation alters colonic lipid metabolism causing tumour-associated microbial adaptation
2025-09-01 , doi: 10.1038/s42255-025-01350-6
姜璐/范建高等：肠道菌群与儿童脂肪肝病（综述）Clinical and molecular hepatology——[16.9]
① 核心观点概述：本文系统阐述了儿童代谢功能障碍相关脂肪肝病与肠道菌群失调的内在联系，并强调了菌群及其代谢产物在疾病发病机制中的核心驱动作用。② 疾病特征与分型：儿童代谢功能障碍相关脂肪肝病（MASLD）在肥胖儿童中患病率超30%，其病理特征独特，除成人常见的1型外，还存在以门静脉炎症为主的儿童特有2型。③ 关键菌群变化：患儿肠道菌群普遍存在多样性降低及普雷沃氏菌属富集的现象，其中，Prevotella copri的丰度与肝纤维化的严重程度呈正相关。④ 代谢产物紊乱：菌群失调导致关键代谢产物改变，例如短链脂肪酸（SCFAs）水平异常，胆汁酸代谢紊乱进而影响FXR-FGF19信号轴，以及产乙醇细菌增多导致血清乙醇浓度升高等。⑤ 干预策略与潜力：主要治疗策略为生活方式干预（如地中海饮食），同时维生素E和益生菌（如VSL#3）显示出一定的辅助治疗效果，而靶向特定产乙醇菌的噬菌体疗法也展现了应用前景。⑥ 挑战与未来方向：当前研究受限于样本量小、缺乏理想动物模型等瓶颈，未来需深入探索非细菌微生物的作用、关注非肥胖患儿的菌群特征，从而为个体化精准诊疗提供依据。
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Pediatric metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease and the gut microbiome: from research landscape to targeted modulation
2025-08-19 , doi: 10.3350/cmh.2025.0718
陈廖斌等：孕期泼尼松暴露可增后代骨质疏松风险，一种肠菌代谢物是关键iMeta——[33.2]
① 研究设计与方法：本研究结合人群病例对照与大鼠模型，整合多组学、粪菌移植（FMT）和体内外实验，解析产前泼尼松暴露（PPE）经母体肠道菌群影响雌性后代骨发育的机制。② 核心发现：PPE扰动母体菌群并耗竭大豆苷元（DAI），致雌性后代峰值骨量（PBM）下降、骨质疏松易感性升高；孕期补充DAI可显著逆转。③ 菌群代谢机制：PPE降低乳杆菌属丰度并抑制β-葡萄糖苷酶（β-GC）活性，削弱食物异黄酮的游离化与吸收，致母体与胎儿DAI水平下降；FMT证实菌群改变可传递低骨量表型。④ 表观遗传通路：DAI激活雌激素受体β（ERβ）并上调赖氨酸乙酰转移酶6A（KAT6A），提高Hoxd12启动子H3K9ac，恢复Hoxd12表达并促进成骨分化。⑤ 关键分子证据：在PPE雌性后代骨髓间充质干细胞中，DAI提升Runx2、Ocn等成骨标志物；Hoxd12过表达可挽救PBM下降，验证其为核心效应基因。⑥ 干预与外推：孕期补充DAI除预防PBM降低与骨异常外，还改善肝脂代谢、海马发育、卵巢与肾上腺功能异常，提示补充微生物代谢物可作为PPE相关多器官编程损伤的早期策略。
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Maternal gut microbiota-derived daidzein prevents osteoporosis in female offspring following prenatal prednisone exposure
2025-04-28 , doi: 10.1002/imt2.70037
梁冠翔/陈峰等Cell子刊：HOVD数据库揭示糖尿病/肥胖口腔病毒组特征，助牙周炎精准干预Cell Reports Medicine——[10.6]
① 研究设计与资源概览：整合既有口腔病毒数据库并结合220例肥胖个体（含或不含2型糖尿病（T2D））的口腔与粪便序列，建立人类口腔病毒组数据库（HOVD），并据此开展系统分析。② 核心发现与主结论：肥胖合并T2D人群口腔病毒多样性下降、与临床表型及口腔细菌的相关性减弱，且口腔—肠道病毒连接增强，提示黏膜屏障与生态互作可能受损。③ 数据库规模与覆盖：HOVD收录24,440个病毒操作分类单元（vOTU）和83种真核病毒，覆盖九国样本与多口腔部位（唾液、舌背、龈上/龈下菌斑等），并提供交互式在线工具。④ 锁定致病相关噬菌体：预测并筛得宿主为牙龈卟啉单胞菌的候选噬菌体，其中多条在T2D组丰度更高，提示其与代谢紊乱相关。⑤ 干预验证与转化启示：从上述噬菌体中筛出六个细胞内溶素（endolysin），并证实三者混合物在低微摩尔水平显著抑制牙龈卟啉单胞菌生长，为T2D相关牙周炎提供精准干预线索。
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Oral virome metagenomic catalog links Porphyromonas gingivalis phages to obesity and type 2 diabetes
2025-09-01 , doi: 10.1016/j.xcrm.2025.102325
NC：MetaDICT通过共享字典学习，避免微生物组数据整合中的过度校正Nature Communications——[15.7]
① 提出MetaDICT新方法：提出一种创新的两阶段微生物组数据整合方法MetaDICT，先用因果推断的协变量平衡加权估计批次效应，再以共享字典学习精炼估计，分离乘性批次效应与真实生物学变异。② 核心优势-避免过度校正：在未观测混杂或批次与协变量完全混杂等情形下避免过度校正，更好保留生物学信号，整体优于ConQuR、ComBat-Seq等方法。③ 嵌入揭示结构：生成的分类群与样本嵌入刻画群落相互作用与功能相似性，揭示隐藏社群与人群结构，提升差异丰度与聚类等下游分析的稳健性。④ CRC跨国验证：整合五国结直肠癌（CRC）研究，方法可拆分批次与国家效应，识别可跨研究复现的微生物标志，并提升跨研究预测的受试者工作特征曲线下面积（AUC）。⑤ 免疫治疗预测提升：在黑色素瘤PD-1治疗的五项研究中，识别与临床应答相关的物种，基于整合数据的神经网络在留一研究检验中显著提高预测准确性。⑥ 严控双重用数：随机结局负控表明ConQuR与scANVI存在double dipping（重复用数）导致的虚高准确率，而MetaDICT可避免该问题并保持模型泛化。
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Microbiome data integration via shared dictionary learning
2025-09-01 , doi: 10.1038/s41467-025-63425-y
JAMA：幽门螺杆菌筛查未显著降低心梗后上消化道出血风险，但高危患者或受益JAMA——[55]
① 研究背景与设计：为探究心梗后高出血风险问题，一项全国性群组随机交叉试验纳入18466名急性心肌梗死（AMI）患者，评估住院期常规幽门螺杆菌筛查与常规护理对上消化道出血的影响，中位随访1.9年。② 核心发现：常规筛查并未显著降低上消化道出血的主要终点风险（率比0.90，95%置信区间0.77-1.05，P=0.18）。③ 高危亚组获益：预设亚组分析显示，筛查显著降低了中重度贫血（率比0.44）及肾功能不全（率比0.75）等高危患者的出血风险，提示特定人群可能受益。④ 质子泵抑制剂影响：出院时近半数患者使用质子泵抑制剂（PPI），这可能削弱了筛查的额外益处，按出院PPI使用进行事后分层显示，筛查的保护作用在未用PPI者中更明显。⑤ 筛查干预依从性：在筛查组中，70%的患者接受了检测，其中23.6%为阳性，阳性患者中96.6%接受了根除治疗，反映了真实世界的实施情况。⑥ 结论与建议：研究不支持对所有AMI患者进行常规筛查，但提示对合并贫血或肾功能不全等特定高危人群或可采取风险分层筛查策略。
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Helicobacter pylori Screening After Acute Myocardial Infarction: The Cluster Randomized Crossover HELP-MI SWEDEHEART Trial
2025-09-01 , doi: 10.1001/jama.2025.15047
关旭等：MRI无创评估助力直肠癌治疗决策Advanced Science——[14.1]
① 多中心设计与方法框架：本研究纳入1156例I–II期直肠癌，构建磁共振成像（MRI）淋巴结形态与拓扑结构模型（LNs-MTS），以总淋巴结体积（tLNV）与总淋巴结引流距离（tLND）无创评估系统性免疫状态。② 核心发现与主要结论：非转移且较大（≥0.5 cm）并远离肿瘤（≥5 cm）的淋巴结免疫活性更强；模型将患者分为低中高风险，低风险（大tLNV+远tLND）5年总生存率（OS）94.5%，显著优于高风险（小tLNV+近tLND）的80.5%。③ 预测性能与独立价值：LNs-MTS优于指南分层与TNM分期，且为独立预后标志物；高风险相较低风险死亡风险（OS HR=5.256）与复发进展风险（无病生存期DFS HR=3.649）均显著升高。④ 临床分层与应用价值：模型可重分层约44.6%患者，助力个体化治疗：约36.7%的II期低风险可考虑减免辅助治疗，而约31.3%的I期高风险可能需要治疗强化。⑤ 分子证据与作用机制：转录组与免疫组化表明低风险组肿瘤微环境更免疫激活（富集CD8 T细胞/记忆CD4 T细胞），高风险组基质占优且免疫抑制（富集M2型巨噬细胞），从生物学上支撑模型有效性。
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MRI-Derived Lymph Nodes Morphological and Topological Structure (LNs-MTS) Model for Evaluating Immune Status and Prognosis in Rectal Cancer
2025-08-31 , doi: 10.1002/advs.202506523
Cell子刊：阿尔茨海默病让肠道免疫细胞奔向大脑，益生元干预或有益Cell Reports——[6.9]
① 模型与多组学解析：采用Aβ驱动的5XFAD阿尔茨海默病（AD）小鼠，结合结肠单细胞转录组与流式检测，并辅以人脑snRNA-seq再分析和功能实验，刻画肠-脑免疫轴的病理变化。② 肠脑趋化轴激活：AD诱导脑内小胶质等细胞CXCL12上调，伴随结肠CXCR4高表达的抗体分泌细胞（ASC）减少，形成CXCL12-CXCR4趋化轴并驱动肠源免疫细胞向脑部迁移。③ 多重证据证实迁移：5XFAD硬脑膜肠源IgA+ ASCs显著增多，脑内CXCR4+ B细胞上升；肠细胞移植与CXCR4抑制剂AMD3100实验证实肠源IgA+细胞可入脑且阻断可促其滞留于结肠。④ 肠道免疫显著失衡：结肠CXCR4+ IgA+ ASC明显丢失，外周与脑内T细胞谱系异常且外周调节性T细胞（Treg）下降，提示屏障稳态与系统免疫协同受损。⑤ 膳食纤维有效干预：菊粉益生元重塑菌群，提升短链脂肪酸（SCFA）、胆汁酸与吲哚-3-丙酸（IPA）等代谢物，上调结肠IgA+ ASC与系统性Treg，并呈降低脑内CXCL12的趋势。⑥ 多维疾病表型改善：菊粉干预降低脑内CD45+免疫细胞、改善虚弱指数等AD相关表型，Aβ负荷降低存在不一致但整体效益明确。⑦ 机制与转化启示：研究揭示AD通过CXCL12-CXCR4轴重塑肠-脑免疫并可被饮食干预调节，提示靶向肠道免疫与菌群代谢有望延缓AD进展。
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Amyloid-β-driven Alzheimer's disease reshapes the colonic immune system in mice
2025-08-29 , doi: 10.1016/j.celrep.2025.116109
NEJM：补钾提升至正常高值，减少心衰与致命心律失常The New England journal of medicine——[0]
① 研究对象与设计：丹麦多中心、开放标签、事件驱动的随机优效性试验，纳入1200名植入式心脏复律除颤器（ICD）且基线血钾≤4.3 mmol/L的患者，干预通过补钾、盐皮质激素受体拮抗剂（MRA）与饮食指导将血钾提升至4.5–5.0 mmol/L。② 核心主要发现：中位随访39.6个月，干预显著降低主要复合终点（室性心动过速（VT）/适当ICD治疗、因心律失常或心力衰竭（HF）住院、全因死亡）风险（22.7% vs 29.2%，风险比（HR）0.76，P=0.01）。③ 关键终点拆解：效益主要由VT/适当ICD治疗减少（HR 0.75）及心律失常住院下降（HR 0.63）驱动，全因死亡无统计学差异（HR 0.85）。④ 亚组与一致性：各预设亚组效应一致，且保护作用不依赖血钾是否达标，提示避免低正常或低钾状态可能是关键。⑤ 安全性与代价：干预使血肌酐轻度升高，但未增加因高钾血症、低钾血症或肾衰竭住院风险；电解质相关住院发生率两组相近。
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Increasing the Potassium Level in Patients at High Risk for Ventricular Arrhythmias
2025-08-29 , doi: 10.1056/NEJMoa2509542
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